Pada tahun 1990 Pimpinan Kongregasi Fransiskanes Santa Elisabeth (FSE) membentuk Yayasan di Batam dan statusnya berada sebagai cabang Yayasan Rumah Sakit Santa Elisabeth Medan, dengan nama “ Yayasan Rumah Sakit St. Elisabeth Cabang Batam” untuk mengelola Rumah Sakit Santa Elisabeth Batam. Namun pada tanggal 17 November 2001 hanya memperoleh ijin Rumah Sakit Ibu dan Anak yang diresmikan oleh Drs. Nyat Kadir, Walikota Batam dan diberkati oleh Bpk Uskup Hilarius Moa Nurak, SVD.

Pada tahun 2002 keanggotaan Badan Pengurus Yayasan Cabang Batam menjadi mandiri dengan nama “ Yayasan Fransiskanes Santa Elisabeth Batam” dengan SK. NO. 008/PB-YFSE/SK/IX/2002. Pada tanggal 21 September 2005, memperoleh ijin sebagai Rumah Sakit Umum.

RS Santa Elisabeth merupakan salah satu rumah sakit umum di wilayah Batam. Dengan lokasi yang strategis namun tetap mengutamakan suasana nyaman bagi pasien maupun keluarga, RS Santa Elisabeth menjadi salah satu icon rumah sakit rujukan di kota Batam dan sekitarnya.